Azərbaycan torpaqlarında "Böyük Ermənistan" dövləti yaratmaq istəyən erməni millətçilərinin 1918-ci ildə bütün ölkə hüdudlarında həyata keçirdikləri cinayətkar əməlləri arasında öz miqyasına görə Şamaxı qırğınları ayrıca yer tutur.
1918-ci il mart ayının ikinci yarısında Bakıdan 3 minədək erməni qoşununun silah və sursatla Şamaxıya doğru hərəkət etdiyi barədə məlumatlar gəlir. Şamaxıdakı azərbaycanlı nümayəndələr bu məlumatları erməni nümayəndələrlə bölüşür, ermənilər bu məsələ ilə bağlı Bakıda Erməni Milli Şurasına verdikləri sorğuya müsbət cavab alırlar. Məlum olur ki, qoşun Bakı Soveti tərəfindən göndərilib və ünvanına da yetişəcək. Belə olan halda azərbaycanlı və ermənilərdən ibarət bir heyət təşkil edərək onu gələn qoşunun qabağına göndərmək, onun nə məqsəd güddüyünü müəyyənləşdirmək və şəhərdən yan keçərək bütün silahın Şamaxı qarnizonuna təhvil verilməsini təklif etmək qərara alınır. Şamaxı qəza komissarı Azad bəy Qocamanbəyov və erməni yepiskopu Baqrat, eləcə də nüfuzlu azərbaycanlı və erməni nümayəndələrdən ibarət heyət dəstənin dayandığı  Mərəzə (molokan) kəndinə yollanır. Səhər saat 5-də Azad bəyin göndərdiyi çapar 600 at, 8 top və 12 pulemyotla  gələn hərbi dəstənin tam döyüş hazırlığında olduğu, yol boyu rast gəldiyi müsəlmanları - 8 kişi, bir qadın və iki uşağı öldürdüyü, Şamaxını təhlükə gözlədiyi və təcili tədbirlər görülməsinin vacibliyi barədə xəbər gətirir. Şəhərin azərbaycanlı rəhbərləri Ağsuda qaçaq dəstələrini tərksilah edən milis rəisi Tərlan bəy Əliyarbəyovu dərhal geri çağırırlar, ətraf kəndlərin silahlı kəndliləri Şamaxıya axışmağa başlayır. Ertəsi gün nümayəndə heyəti Şamaxıya qayıdır və məlum olur ki, qoşun silahları təhvil verməkdən imtina edib, uzun və ağır danışıqlardan sonra yalnız şəhərə girməyərək birbaşa Mədrəsə kəndinə getməklə razılaşıb. Erməni yepiskopu Baqratın dəstənin evlərinə qayıdan 300 molokan və 900 nəfər ermənidən ibarət olduğu və qəzada əmin-amanlığı bərpa etmək məqsədi güddüyünə dair sakitləşdirici şərhlərinə baxmayaraq, erməni komandirlərinin heyəti çox aqressiv qarşıladığı, Azərbaycan nümayəndələrini girov götürmək istədiyi, Baqratın çətinliklə onları bu addımdan çəkindirdiyi barədə məlumatlar, nəhayət "bu torpağın sahibi siz yox, bizik və sizə hakimiyyətə necə tabe olmağı göstərərik", "on gündən sonra Bakıdan iki zirehli maşın Kürdəmiri dağıdaraq müsəlmanları hər tərəfdən mühasirəyə alacaq", "biz Şamaxını bütünlüklə təslim etmək və müsəlman əhalisini qırmaq üçün gəlmişik" kimi açıq səsləndirilən bəyanatlar  təhlükənin çox ciddi olduğunu göstərir. Yaranmış vəziyyəti müzakirə edən azərbaycanlılar hərbi dəstənin Şamaxıya girməmək haqda vədinin inandırıcı olmadığını və qüvvələr nisbətini götür-qoy edərək ilk növbədə Tiflisə, Zaqafqaziya Komissarlığına müsəlman əhalinin müdafiəsi üçün kömək göndərilməsi haqda müraciət etməyi qərara alırlar. Lakin hadisələrin sürətli inkişafı Tiflisdən kömək barədə ümidlərin doğrulmasına vaxt qoymur.     
Şamaxı qarnizonunun erməni və rus əsgərləri silah anbarını yararaq silahları daşımağa başlayırlar. Bundan xəbər tutan müsəlmanlar - silahlı şəhər və kənd sakinləri əsgərlərə mane olmağa çalışır və atışma başlayır. Hər iki tərəfdən yaralananlar olur. Hadisə yerinə gələn A.Qocamanbəyov və T.Əliyarbəyov çətinliklə məsələni yoluna qoyurlar, lakin elə bu vaxt erməni birləşmələrinin Qozlu-çay (Hilmilli) molokan kəndi tərəfdən Şamaxı istiqamətində  hərəkət etdiyi barədə məlumat alınır. Çuxuryurdun molokan qocaları da Şamaxıya ən yaxın Əngəxaran kəndinin sakinlərini yaxınlaşmaqda olan hücum barədə xəbərdar edərək onlara kənddən çıxmağı məsləhət görürlər. Tərlan bəyin rəhbərliyi altında keşikçi və milis, eyni zamanda, şəhər və kənd sakinlərindən təşkil olunan könüllü dəstələr Şamaxıya gələn yollarda səngərlər yaradırlar. Dəstələrə yalnız erməni birləşmələrinin Şamaxıya girəcəyi halda atəş açmaq tapşırılır. Şamaxı dini rəhbərləri - Müfti Mustafa Əfəndi, Hacı Şıx-Həbib və Axund Cəfər Qulu öz çalmalarına and verərək  kəndliləri hər hansı təxribata uymamaq, dəstə Şamaxıdan yan keçərsə, atəş açmamağa çağırırlar. Ertəsi gün, martın 27-də, səhər saat 5-də erməni birləşmələrinin Əngəxarandan sakitcə keçdiyi və Meysarı yolu ilə Mədrəsəyə getdiyi barədə xəbər gəlir. Lakin 1 saatdan sonra ermənilərin Şamaxıya hücuma keçəcəkləri haqda xəbər yenidən şəhərdə həyəcan yaradır. Mədrəsə tərəfdən Şamaxıya atılan bir neçə top atəşi şübhə yeri qoymadığından səngərlərdə dayanan müsəlmanları da cavab atəşi açmağa məcbur edir. 4 saat davam edən atışma zamanı hər iki tərəfdən itkilər verilsə də, müsəlmanların öz mövqelərini tərk etməməsi nəticəsində ermənilər həmin gün şəhəri ala bilmirlər və Mədrəsə kəndinə çəkilirlər. Lakin qarşıdurma bununla bitmir. Səngərlərdən çıxaraq şəhərə qayıdan müsəlman sakinlər gözlənilmədən erməni hissəsindəki evlərin damlarından və həyətlərindən atılan atəşə məruz qalırlar. Cavab atəşi veriləndə yenidən, artıq şəhərin müsəlman və erməni əhalisi arasında silahlı qarşıdurma başlayır.
Ermənilər Mədrəsə tərəfdən hücuma keçirlər. Qəza komissarı, keçmiş çar polkovniki Azad bəy Qocamanbəyovun rəhbərliyi altında döyüşən dəstələr Şamaxının girəcəyində erməni dəstələrinin hücumunun qarşısını almağa və dinc əhalinin şəhərdən çıxmasına imkan yaratmağa çalışır. Bu hadisələrdən az əvvəl yerli cavanları hərbi işə hazırlamaq məqsədilə dəvət edilmiş iki türk zabiti də şamaxılıların kiçik dəstələri ilə birlikdə Mədrəsə erməniləri ilə döyüşə girir və bir neçə saat onların qarşısını kəsir. Tərlan bəy Əliyarbəyovun milis dəstələri  müsəlman əhalinin müdafiəsini təşkil edir. Müsəlmanlar günorta saat 12-dək müqavimət göstərirlər. Lakin Çobanı kəndinin molokanlarının top atəşləri ilə arxadan hücuma keçməsi müsəlmanlar arasında böyük çaşqınlıq yaradır. Bundan istifadə edən şəhər erməniləri yuxarı hissədən şəhəri hücumla alırlar.
Şamaxının 2 tərəfdən - erməni və molokan kəndlərindən top və pulemyotlardan atəşə  tutulması axşama kimi davam edir, nəticədə şəhərin ən abad hissəsi - zəngin müsəlmanlara məxsus Piran-Şirvan yaşayış məhəllələri yanğınla tamamilə məhv edilir. Şəhərin küçələri insan cəsədləri ilə örtülür.
Aprelin 10-da günorta saat 3-də Bakı qırğınlarında ağlasığmaz vəhşilikləri ilə ad çıxarmış Stepan Lalayev və Tatevos Əmirovun başçılıq etdiyi erməni və molokanlardan ibarət qoşunlar qəfildən Şamaxını mühasirəyə alır və az sonra dağıdıcı qasırğa kimi şəhərin üstündən keçirlər. İstisnasız olaraq müsəlmanlara məxsus bütün evlər, ticarət və mülki obyektlər yandırılır və dağıdılır. Yanğına bürünmüş şəhər bir neçə saatdan sonra xarabazarlığa çevrilir. Şamaxıda qalmış müsəlman əhali, qadın, uşaq və qocalara rəhm edilmədən güllələnir, yandırılır. Erməni əsgərləri Bakıda olduğu kimi, əllərində siyahılar, fəal və zəngin müsəlmanların evlərinə hücum edərək onları xüsusi "həvəslə" qarət edir, sonra isə yandırırlar. Bu yolla şəhər başçısı Teymur bəy Xudaverdiyev, Şamaxının fəxri vətəndaşı, tanınmış dövlət və ictimai xadim, I Dövlət Dumasının deputatı Məmməd Tağı Əliyev, Şamaxının bütün məşhur kübar ailələrinin - Veysov, Şıxəlibəyov, Ağalarov, Cəbrayılbəyov, Məlikbəyov, Əzimbəyov, Əyyubbəyov, Hüseynbəyov, Fəttahbəyov, Fətəlibəyov, Sadıqbəyov və başqaları ailə üzvləri ilə birlikdə qətlə yetirilir. Şamaxının ən nüfuzlu din xadimlərindən Axund Cəfərqulunun qətli xüsusi qəddarlığı ilə fərqlənir. Axund olduğu "Yuxarıqala" məscidinin yerləşdiyi məhəllə sakinlərinin xətrinə şəhəri tərk etməmişdi. Bu din xadimi özünün sülhsevər fəaliyyəti və barışdırıcı nitqləri ilə məşhur idi və bir neçə dəfə baş verə biləcək milli münaqişələrin qarşısını almışdı. Yalnız müsəlmanlar deyil, ermənilər arasında da olan hörmətinə ümid edən Axund evində, həyətində və  məsciddə bir neçə yüz qadın və uşağa sığınacaq verərək bu yolla onları ölümdən xilas edəcəyini düşünürdü. Ermənilər Axundun evini və məscidi insanlarla birlikdə yandırırlar, Axundun özünü isə ağır işgəncələr verməklə - dilini, qulaqlarını, burnunu kəsərək, gözlərini çıxararaq, dərisini soyaraq öldürürlər.
Şamaxı məscidləri erməni talançılarının məqsədli hədəfi olur. Nəticədə Şamaxının bütün 12 məhəllə məscidləri və 800 illik tarixi olan Cümə məscidi yanğın və dağıntılara məruz qalır. Bu məscidlərdə 2000-nə qədər Şamaxı sakini diri-diri yandırılır. 
Ümumilikdə isə Şamaxıda iki dəfə törədilmiş azərbaycanlı qırğınları zamanı şəhərin müsəlman əhalisindən 8-10 min nəfəri qətlə yetirilib. Qalan şəhər əhalisi qaçqın halında Azərbaycanın müxtəlif şəhər və qəzalarına dağılışır.
Bakıda olduğu kimi, Şamaxı qırğınlarında erməni icmasının başçıları həmin qırğınların birbaşa təşkilatçıları və rəhbərləri olmuşlar. Şamaxı ictimaiyyəti bu təşkilatçılar arasında Şamaxı, sonradan Bakı erməni yepiskopu olmuş Baqratın xüsusi rolunu qeyd edirdilər.
1918-ci il Şamaxı qırğınları yalnız şəhəri deyil, qəzanın kəndlərini də əhatə etmiş və 1918-ci ilin iyul ayının ortalarınadək, bu ərazilər Türk-Azərbaycan qoşunları tərəfindən azad olunana qədər davam etmişdir. Həmin dövrdə, ümumilikdə Şamaxı qəzasının 106 kəndi yandırılmış və dağıdılmış, 110 kəndin sakinləri isə erməni-molokan quldur dəstələrinin hücumundan zərər çəkmişlər. Həlak olmuş kənd sakinlərinin - yalnız hücumlar zamanı və əsirlikdə öldürülənlərin - ümumi sayı, 4359 nəfəri qadın və uşaq olmaqla, 10.341 nəfər təşkil etmişdir.
Şamaxı qəzasındakı Azərbaycan qırğınlarını görünməmiş miqyası və nəticələrinə görə milli fəlakət adlandırmaq olar. Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti dövründə hökumət idarələri qəzalarda fəaliyyətə başlayanda büsbütün dağıdılmış Şamaxı şəhərində bir salamat bina belə tapılmamış, ağır maliyyə çətinliklərinə baxmayaraq, hökumət şəhərin bərpası, qaçqınların öz evlərinə, xüsusilə kəndlərinə qayıtması sahəsində xeyli iş görmüşdür. Bununla belə, şəhərin əvvəlki mövqeyini, xüsusilə dərin tarixi ənənələri olan Şamaxı cəmiyyətinin əvvəlki statusunu bərpa etmək artıq mümkün olmamışdır. 1921-ci ildə Şamaxı şəhərinin əhalisinin 1700 nəfərdən ibarət olması buna sübutdur.
Şamaxı faciələrini Azərbaycanın digər bölgələrindəki qırğınlardan fərqləndirən daha bir cəhət qəzanın molokan-rus əhalisinin bu hadisələrdə ermənilər tərəfində fəal iştirakıdır. Ayrıca mövzu olan bu məsələ Fövqəladə Təhqiqat Komissiyasının Şamaxıya dair tədqiqatlarında xüsusi diqqət mərkəzində olsa da, ona dəqiq cavab tapılmamışdır. Şamaxı qırğınlarına dair komissiyanın sənədləri, ümumilikdə 22 cild istintaq materialı və 63 foto-şəkil təşkil etmişdir. Bu sənədlər 1918-ci il Şamaxı faciəsinin tam mənzərəsini yaratmaqla onun miqyasını, nəticələrini və səbəblərini araşdırmağa imkan verir.

Solmaz RÜSTƏMOVA-TOHİDİ tarix elmləri doktoru, professor