Azərbaycan Respublikası ilə NATO arasında əməkdaşlığın təməli 1992-ci ilin mart ayında qoyulub və 1997-ci ildən etibarən, Avro-Atlantik Tərəfdaşlıq Şurası kimi tanınan Şimali Atlantik Əməkdaşlıq Şurasının məşvərət forumuna daxil olması ilə başlayıb. 4 may 1994-cü il tarixində Azərbaycan Respublikası NATO-nun “Sülh Naminə Tərəfdaşlıq” (SNT) Proqramına qoşulub. Azərbaycan Respublikasının Müdafiə Nazirliyi NATO ilə əməkdaşlıq çərçivəsində SNT proqramı, Fərdi Tərəfdaşlıq üzrə Əməliyyat Planı, Planlaşdırma və Analiz Prosesi, Əməliyyat İmkanları Konsepsiyası, Tərəfdaşlığın Qərargah Vəzifələri, Müdafiə Təhsilinin Genişləndirilməsi Proqramı, Sülh Naminə Elm Proqramı və NATO-nun digər əhəmiyyətli tərəfdaşlıq mexanizmlərindən səmərəli şəkildə istifadə edir. Müdafiə Nazirliyi bu mexanizmlərdən faydalanaraq , strateji sənədlərin işlənib hazırlanması, hərbi təlim və tədris prosesində müasir standartların tətbiqi, Sülhməramlı Qüvvələrin hazırlığı, şəxsi heyətin idarə olunması, dəniz təhlükəsizliyi, maddi-texniki təminat, təcrübələrin öyrənilməsi, kibertəhlükəsizlik, enerji təhlükəsizliyi, “sahib ölkə dəstəyi” və hava məkanına nəzarət sahələrində müvafiq islahatlar çərçivəsində fəaliyyətlərini həyata keçirir.
Fərdi Tərəfdaşlıq üzrə Əməliyyat Planı, Planlaşdırma və Analiz Prosesi
Planlaşdırma və Analiz Prosesi (PAP) təhlükəsizlik və sabitliyin təşviqi, böhrana cavab əməliyyatları və digər tədbirlərdə NATO müttəfiqləri ilə əməkdaşlıq edə biləcək ən yaxşı tərəfdaşlar tərəfindən qüvvə və imkanların inkişafına kömək məqsədi daşıyır. O çoxmillətli tədris, təlim və əməliyyatlar üçün Alyansın sərəncamına verilə biləcək tərəfdaş qüvvələrin qarşılıqlı fəaliyyətini və imkanlarını artırmaq məqsədilə struktur yanaşmanı təmin edir. PAP NATO-nun bütün tərəfdaşlarına açıq olan ikiillik prosesdir. Planlaşdırma və Analiz Prosesi çərçivəsində Azərbaycan Respublikasının qəbul etdiyi “Tərəfdaşlıq Məqsədləri”nin əksəriyyəti Müdafiə Nazirliyinə aiddir. Hazırda qəbul edilmiş Tərəfdaşlıq Məqsədlərinin bir hissəsi yerinə yetirilmiş, digər uzunmüddətli məqsədlərin yerinə yetirilməsi üzrə işlər davam etdirilir, eləcə də yeni tərəfdaşlıq məqsədləri qəbul edilir. Fərdi Tərəfdaşlıq üzrə Əməliyyat Planının (FTƏP) 2005-2007, 2008-2010, 2011-2013, 2014-2016-cı və 2017-2019-cu illəri əhatə edən 1-ci, 2-ci, 3-cü, 4-cü və 5-ci dövr sənədlərdə Müdafiə Nazirliyinə aid tapşırıqlar müvəffəqiyyətlə yerinə yetirilmiş və 2020-2022-ci illəri əhatə edən 6-cı dövrün məqsədləri NATO ilə razılaşdırılma mərhələsindədir.
“Əməliyyat İmkanları Konsepsiyası Qiymətləndirmə və Rəy” Proqramı
NATO-nun “Əməliyyat İmkanları Konsepsiyası Qiymətləndirmə və Rəy Proqramı” Azərbaycan Ordusunun inkişafına xidmət edən NATO-nun çoxmillətli müasir ordu quruculuğu təcrübəsini özündə cəmləşdirən əhəmiyyətli mexanizmlərindən biridir. Bu proqram Ordunun müvafiq bölmələrinin müasir döyüşün tələblərinə və inkişaf etmiş dövlətlərin standartlarına uyğun hazırlanması, habelə NATO-nun zəruri “əməliyyat qabiliyyətləri”nə nail olması baxımından çox əhəmiyyətli bir mexanizmdir. Bu proqramla əldə edilmiş təcrübə və bilik bölmələrimizin beynəlxalq əməliyyatlarda və təlimlərdə peşəkar səviyyədə iştirakını təmin edərək, təmsilçilik imkanlarının və nüfuzunun artırılmasına imkan yaradır. Azərbaycan Ordusunun NATO-nun ƏİK Ortaq Qüvvələr Birliyinə bəyan edilmiş bölmələri aşağıdakılardır:
• Sülhməramlı Qüvvələr Taboru – 1;
• Kəşfiyyat Bölüyü – 1;
• “Mİ-17” Helikopter Cütlüyü – 1;
• Dənizdə Qadağa Əməliyyatları üzrə Göyərtə-Axtarış Qrupu – 1.
“Tərəfdaşlığın Qərargah Vəzifələri” Konsepsiyası
2002-ci ildən etibarən “Tərəfdaşlığın Qərargah Vəzifələri” Konsepsiyası çərçivəsində Azərbaycan Ordusunun zabitləri NATO-nun müxtəlif taktiki, əməliyyat və strateji səviyyəli qərargahlarında xidmətə başlamışlar. Bu töhfə Azərbaycanın NATO ilə əməkdaşlıq edən digər tərəfdaş dövlətlər arasında lider ölkəyə çevrilməsinə zəmin yaratmışdır. Müxtəlif sülhməramlı əməliyyatlarda iştirak edən kontingentimizin fəaliyyətinin əlaqələndirilməsi məqsədilə ABŞ-ın Mərkəzi Komandanlığının qərargahında (Tampa, ABŞ) və Beynəlxalq Çoxmillətli Koalisiya Qüvvələrinin qərargahında (Bağdad, İraq) ordumuzun zabitləri xidmət keçmişdir.
Hazırda, Azərbaycan Ordusunun zabitləri NATO-nun Mənzil Qərargahında (Brüssel, Belçika) və NATO Müttəfiq Qüvvələrin Avropadakı Baş Komandanlığının Tərəfdaşlıq İdarəsində (Mons, Belçika) hərbi nümayəndəlik tərkibində milli vəzifələrdə, eləcə də NATO-nun digər əməliyyat və taktiki qərargahlarında tərəfdaşlığın qərargah vəzifələrində xidmət edirlər.
Hərbi təhsil sahəsində əməkdaşlıq
Təhlükəsizlik məsələləri ilə yanaşı, NATO-Azərbaycan əməkdaşlığı elm və təhsil kimi digər sahələrdə də uğurla inkişaf etdirilir. 2008-ci ildən etibarən təhsil sahəsində NATO ilə əməkdaşlıq edən Azərbaycan Ordusu NATO-nun Müdafiə Təhsilinin Genişləndirilməsi Proqramından yararlanmaqla tabeliyində olan xüsusi təyinatlı hərbi təhsil müəssisələrinin tədrisinin məzmun və formasının Avropa təhsil standartlarına və Boloniya prosesinə uyğunlaşdırılması, eləcə də pedaqoji kadrların təkmilləşdirilməsi sahəsində ciddi işlər görüb. Beynəlxalq əməkdaşlıq sahəsində uyarlığın və əməkdaşlığın əldə olunmasında əhəmiyyətli rol oynayan xarici dillərin tədrisinin təkmilləşdirilməsində proqramın xüsusi əhəmiyyətini qeyd etmək olar. 2008-ci ildən fəaliyyətini Azərbaycan Respublikası Silahlı Qüvvələrinin Hərbi Akademiyasında başlayan proqram 2018-ci ildən etibarən, Heydər Əliyev adına Hərbi İnstitut, 2021-ci ildən isə Hərbi Tibb Fakültəsinin pedaqoji heyətinin təkmilləşdirilməsi, kurikulumlarının müasir standartlara uyğunlaşdırılması və tətbiqinə beynəlxalq dəstəyini davam etdirir (Hal-hazırda sözügedən təhsil müəssisələri Milli Müdafiə Universiteti nəzdində fəaliyyət göstərirlər).
XXI əsrin ən səmərəli təhsil formalarından biri olan distant təhsil proqramı Azərbaycan Ordusunda daha çox şəxsi heyətin təhsilə cəlb olunmasına, təhsilin fasiləsizlik prinsipinə əməl olunmasına, resursların qənaət olunmasına, eləcə də müasir çağırışlara cavab verməyə  xidmət edir.
“Sülh və Təhlükəsizlik Naminə Elm” Proqramı
NATO-nun “Sülh və Təhlükəsizlik Naminə Elm Proqramı” elmin inkişafı və yeniliklərin tətbiqi yolu ilə NATO və Tərəfdaşlar arasında əməkdaşlıq və dialoqun genişləndirilməsinə, qarşılıqlı təhlükəsizlik problemlərinin həllinə, bilik mübadiləsinə, eləcə də tədqiqatların aparılması və innovasiyaların tətbiqi üçün mühüm bir vasitədir. Müdafiə Nazirliyi qeyd olunan proqram çərçivəsində bir neçə uğurlu layihələrə artıq imza atmışdır.