Azərbaycan Respublikası Silahlı Qüvvələrinin peşəkar hərbi tibb zabitlərinə ehtiyacını ödəmək üçün Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 25 may 2000-ci il tarixli “Azərbaycan Respublikasının Silahlı Qüvvələri üçün ehtiyat zabit kadrlarının hazırlanması işinin təkmilləşdirilməsi haqqında” Sərəncamının tələblərinə müvafiq olaraq, Azərbaycan Tibb Universitetinin nəzdində Hərbi tibb fakültəsi yaradılmışdır. Fakültədə təhsil müddəti 2 ildir. Bu fakültəyə 2000-ci ilin avqust ayından Tibb Universitetinin müalicə-profilaktika, pediatriya və stomatologiya fakültələrinin 4-cü kursunu bitirmiş kişi cinsli tələbələr seçmə yolu ilə qəbul olunurlar. 2006-cı ildən etibarən isə Hərbi fibb fakültəsinin 1-ci kursuna “hərbi həkim işi” ixtisası üzrə kursantların qəbul edilməsinə başlanılmışdır.
Hərbi tibb fakültəsinin nəzdində tibb xidməti zabitlərinin təhsilində fasiləsizlik prinsipinin təmin edilməsi məqsədilə “təkmilləşdirmə” kursları da fəaliyyət göstərir. “Təhsil haqqında Azərbaycan Respublikasının Qanunu”nun tələblərinə müvafiq olaraq, hərbi həkimlərin ixtisaslaşmalarının həyata keçirilməsi məqsədilə Azərbaycan Tibb Universitetinin Hərbi tibb fakültəsində 2011–2012-ci tədris ilindən 11 ixtisas üzrə rezidentlərin hazırlığına başlanılmışdır.