В соответствии с требованиями Распоряжения Президента Азербайджанской Республики "Об улучшении работ по подготовке офицерских кадров запаса для Вооруженных сил Азербайджанской Республики" от 25 мая 2000 года при Азербайджанском медицинском университете был создан Военно-медицинский факультет в целях обеспечения потребностей Вооруженных сил Азербайджанской Республики в профессиональных военных врачах. Срок обучения на факультете составляет 2 года. На этот факультет с августа 2000 года на основе отбора принимаются студенты (мужчины), окончившие 4-й курс лечебно-профилактического, педиатрического и стоматологического факультетов медицинского университета. С 2006 года начался прием курсантов на 1-й курс Военно-медицинского факультета по специальности “Военно-врачебное дело”.
В целях обеспечения принципа непрерывности обучения офицеров медицинской службы при Военно-медицинском факультете действуют курсы повышения квалификации. В соответствии с требованиями Закона Азербайджанской Республики “Об образовании", в 2011-2012 учебном году на военно–медицинском факультете Азербайджанского медицинского университета была начата подготовка резидентов по 11 специальностям в целях специализации военных врачей.