7 сентября 1991 года с целью вывода Нахчыванской Автономной Республики из сложившейся ситуации, защиты её территории от нападок армян, спасения населения от мародёрств и убийств, по инициативе и под руководством Общенационального лидера Гейдара Алиева, занимавшего в тот период должность председателя Верховного Совета Нахчыванской Автономной Республики, был образован Государственный комитет обороны. 
15 сентября 1992 года на территории Нахчыванской Автономной Республики было сформировано одно из первых национальных воинских подразделений − 705-я отдельная усиленная мотострелковая бригада.
705-я отдельная усиленная мотострелковая бригада, пройдя славный боевой путь, 21 мая 1995 года была преобразована в мотострелковую дивизию, а 8 декабря 1998 года повышена до уровня армейского корпуса.
В соответствии с Указом Президента Азербайджанской Республики Ильхама Алиева от 18 декабря 2013 года «Об утверждении Положения о Министерстве обороны Азербайджанской Республики» на базе 5-го армейского корпуса была образована Отдельная общевойсковая армия. 
Отдельная общевойсковая армия, в состав которой входят соединения и части различных видов войск, с честью обеспечивает оборону территории Нахчыванской Автономной Республики Азербайджанской Республики, в том числе приграничного участка воздушного пространства протяженностью более 275 км (с учётом особенностей рельефа местности − 405 км).
Военнослужащие Отдельной общевойсковой армии проявили мужество и героизм в Гюннутской операции в 2018 году, в освобождении наших территорий в ходе 44-дневной Отечественной войны 2020 года, а также в антитеррористических операциях по восстановлению государственного суверенитета, осуществленных в 2023 году.