Военный лицей имени командира дивизии Джамшида Нахчыванского был создан по инициативе общенационального лидера Гейдара Алиева в 1971 году на базе 8-летней школы-интерната № 2 города Баку. 24 ноября 1997 года распоряжением Президента Азербайджанской Республики училище было переименовано в Военный Лицей имени Джамшида Нахчыванского. После обретения республикой независимости выпускники военного лицея принимали активное участие в формировании Азербайджанской Армии и в борьбе за сохранение территориальной целостности Родины. Более 1000 выпускников Военного лицея имени Джамшида Нахчыванского были награждены орденами и медалями за проявленное мужество, 11 человек удостоены звания Национального героя Азербайджана, 19 - звания Героя Отечественной войны. Более 100 выпускников Военного лицея имени Гейдара Алиева награждены орденами и медалями за проявленное мужество.
Офицеры и гизири Военного лицея имени Джамшида Нахчыванского принимали участие Во Второй Карабахской войне, начавшейся 27 сентября 2020 года. Один офицер стал шехидом, трое военнослужащих получили телесные повреждения различной степени тяжести. За проявленное мужество более 40 военнослужащих Военного лицея имени Джамшида Нахчыванского были удостоены орденов и медалей.
Распоряжением Президента Азербайджанской Республики от 13 марта 1998 года и приказом министра обороны от 9 апреля 1998 года, в 1998 году в Нахчыванской Автономной Республике был открыт Нахчыванский филиал Военного лицея имени Джамшида Нахчыванского. Распоряжением Президента Азербайджанской Республики от 27 февраля 2004 года, Нахчыванский филиал Военного лицея имени Джамшида Нахчыванского был упразднён и на его базе был создан Военный лицей имени Гейдара Алиева.
Военный лицей имени Джамшида Нахчыванского и Военный лицей имени Гейдара Алиева являются военизированными средними учебными заведениями. По окончании 9-го класса ученики, которым исполнилось 15 лет и не достигшие 17 лет, сдают тестовые экзамены по математике, физике, азербайджанскому языку и химии, организуемые Государственным экзаменационным центром. Срок обучения в военном лицее составляет 2 года, в течение которых курсанты осваивают 13 предметов в соответствии с учебным планом, утвержденным Министерством науки и образования Азербайджанской Республики. Параллельно с изучением общеобразовательных предметов, курсанты развивают свои способности на занятиях по военной подготовке и спорту.