Diviziya komandiri Cəmşid Naxçıvanski adına Hərbi lisey ulu öndər Heydər Əliyevin təşəbbüsü ilə 1971-ci ildə Bakı şəhərindəki 2 saylı 8 illik internat məktəbinin bazasında yaradılmışdır. 24 noyabr 1997-ci il tarixdə Azərbaycan Respublikası Prezidentinin sərəncamı ilə məktəbin adı dəyişdirilərək Cəmşid Naxçıvanski adına Hərbi lisey adlandırılmışdır. Respublikamız müstəqillik əldə etdikdən sonra hərbi liseyin məzunları ordumuzun yaranmasında, vətənimizin ərazi bütövlüyünün qorunması uğrunda mübarizədə həmişə ön cəbhədə olmuşlar. C.Naxçıvanski adına Hərbi liseyin məzunlarından 1000 nəfərdən çoxu göstərdikləri şücaətə görə orden və medallarla təltif olunmuş, 11 nəfəri Azərbaycanın Milli Qəhrəmanı, 19 nəfər isə Vətən Müharibəsi Qəhrəmanı fəxri adına layiq görülmüşdür. Heydər Əliyev adına Hərbi liseyin məzunlarından isə 100 nəfərdən çoxu göstərdikləri şücaətə görə orden və medallarla təltif olunmuşdur.
27 sentyabr 2020-ci ildə başlanan II Qarabağ müharibəsində gedən döyüşlərə C.Naxçıvanski adına Hərbi liseyin zabit-gizir heyəti də qatılmış və onlardan 1 nəfər zabit şəhid olmuş, 3 nəfər hərbi qulluqçu müxtəlif dərəcəli bədən xəsarəti almış və qazilik mərtəbəsinə yüksəlmişdir. C.Naxçıvanski adına Hərbi liseyin 40 nəfərdən çox hərbi qulluqçusu göstərdikləri şücaətə görə orden və medallarla təltif olunmuşdur.
Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 13 mart 1998-ci il tarixli Sərəncamı və müdafiə nazirinin 09 aprel 1998-ci il tarixli əmri ilə 1998-ci ildə Naxçıvan Muxtar Respublikasında C.Naxçıvanski adına Hərbi liseyin Naxçıvan filialı açılmışdır. Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 27 fevral 2004-cü il tarixli sərəncamı ilə Cəmşid Naxçıvanski adına Hərbi liseyin Naxçıvan filialı ləğv edilmiş və onun əsasında Heydər Əliyev adına Hərbi lisey yaradılmışdır.
C.Naxçıvanski və Heydər Əliyev adına Hərbi Lisey hərbiləşdirilmiş tam orta təhsil müəssisələridir. Hərbi liseyə qəbul 15 yaşı tamam olmuş və 17 yaşına çatmamış 9-cu sinfi bitirmiş şagirdlər riyaziyyat, fizika, Azərbaycan dili və kimya fənlərindən Dövlət İmtahan Mərkəzi tərəfindən təşkil edilən test imtahanlarını verməklə qəbul olunurlar. Hərbi liseydə təhsil müddəti 2 ildir. 2 tədris ili ərzində kursantlara Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyinin təsdiq etdiyi tədris planına əsasən, 13 fənn tədris edilir. Liseylərdə kursantlar ümumtəhsil fənlərini öyrənməklə yanaşı, hərbi hazırlıq və idman dərslərində qabiliyyətlərini inkişaf etdirirlər.