Azərbaycanda Müdafiə Nazirliyinin əsasının qoyulması 1918-ci ilə təsadüf edir. Həmin il may ayının 28-də Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti elan edildikdən sonra təşkil olunmuş ilk hökumətin tərkibində Hərbi Nazirlik də var idi.
Azərbaycanın tanınmış ictimai-siyasi xadimi olmuş Xosrov bəy Sultanov isə hərbi nazir vəzifəsinə təyin olunmuşdu. Həmin dövrdə Azərbaycan son dərəcə mürəkkəb hərbi-siyasi şəraitdə qərar tutduğundan və qısa müddət ərzində Azərbaycan xalqının müstəqilliyinə qənim kəsilmiş bolşevik-daşnak qüvvələrinin qarşısını almağa qadir olacaq hərbi qüvvələrin yaradılması mümkün olmadığından Azərbaycan hökuməti hərbi kömək üçün Osmanlı Türkiyəsinə müraciət etdi. 1918-ci il iyun ayının 4-də Azərbaycan ilə Osmanlı Türkiyəsi arasında imzalanmış müqaviləyə əsasən Türkiyə hökuməti Azərbaycana hərbi yardım göstərmək qərarına gəldi və ölkəmizə hərbi qüvvələr göndərdi.
Həmin dövrdə Azərbaycanda mövcud olan milli hərbi qüvvələrin və buraya göndərilmiş Osmanlı qüvvələrinin bazasında Qafqaz İslam Ordusu yaradıldı. Bu andan etibarən Azərbaycanda ordu quruculuğuna və ordu hissələrinin fəaliyyətinə rəhbərlik milli hökumətin qərarı ilə Qafqaz İslam Ordusu komandanına həvalə edildi. Ona görə Azərbaycanın ilk hökumətinin tərkibinə daxil edilmiş Hərbi Nazirliyin təşkili müvəqqəti olaraq təxirə salındı.
Azərbaycanın milli qüvvələrinin əsasını hələ Cümhuriyyətin elan edilməsindən əvvəl yaradılan və general-leytenant Əliağa Şıxlinski tərəfindən rəhbərlik edilən Müsəlman korpusu təşkil edirdi. 1918-ci il iyun ayının 26-da Müsəlman korpusunun adı dəyişdirilərək Əlahiddə Azərbaycan korpusu adlandırıldı.
Qafqaz İslam Ordusunun mövcudluğu dövrü Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin ordu quruculuğunun birinci mərhələsini təşkil edir. 1918-ci il noyabr ayının 1-dən isə Cümhuriyyətin ordu quruculuğunun ikinci mərhələsi başlayır. Həmin gün Azərbaycan hökuməti Hərbi Nazirliyin bərpa edilməsi haqqında qərar qəbul etdi. Nazirlər Şurasının qərarına əsasən Azərbaycan hökumətinin sərdi Fətəli xan Xoyski hərbi nazir vəzifəsini  üzərinə götürdü. Rusiya ordusu sıralarında tam artilleriya generalı rütbəsinə qədər şərəfli xidmət yolu keçmiş Səməd bəy Mehmandarov isə hərbi nazirin müavini təyin edildi və Hərbi Nazirliyin formalaşdırılması ona həvalə olundu.
Birinci Dünya müharibəsinin nəticələrinə görə qalib elan edilmiş müttəfiq dövlətlərin Bakıya gəlmiş hərbi qüvvələri komandanlığının tələbi ilə Hərbi Nazirlik 1918-ci il noyabr ayının 22-də Gəncəyə köçmək məcburiyyətində qaldı. Hərbi Nazirlik 1919-cu il iyun ayının sonlarınadək paytaxtdan və hökumət orqanlarından uzaqda fəaliyyət göstərməli oldu. 1919-cu il iyun ayının sonlarında Bakıya köçürülən Hərbi Nazirlik Krasnovodsk və Merkuri küçələrinin (indiki Zərifə Əliyeva və Səməd Vurğun küçələri) kəsişdiyi binada yerləşdirildi və Cümhuriyyətin süqutuna qədər burada fəaliyyət göstərdi.
1918-ci il dekabr ayının 25-də Səməd bəy Mehmandarov Azərbaycan hökumətinin qərarı ilə hərbi nazir, dekabr ayının 29-da isə general-leytenant (28 iyun 1919-cu ildən etibarən tam artilleriya generalı) Əliağa Şıxlinski hərbi nazirin müavini vəzifəsinə təyin edildilər. Cümhuriyyətin süqutuna kimi bir neçə hökumət dəyişsə də S.Mehmandarovla  Ə.Şıxlinski öz vəzifələrində dəyişməz olaraq qaldılar.
Azərbaycan hökuməti Hərbi Nazirliyin qarşısında ölkənin ərazi bütövlüyünü müdafiə etməyə qadir olan ordunun yaradılması vəzifəsini qoymuşdu. Hərbi Nazirliyin rəhbərləri olan Səməd bəy Mehmandarovun, Əliağa Şılinskinin və onların həmkarları olan general-leytenant Məmməd bəy Sulkeviçin, general-mayor Həbib bəy Səlimovun, general-mayor Həmid bəy Qaytabaşının, general-mayor Süleyman bəy Əfəndiyevin, general-mayor İbrahim ağa Usubovun, general-mayor Cavad bəy Şıxlinskinin və digərlərinin fədakar xidmətləri nəticəsində bu vəzifənin öhdəsindən uğurla gəldilər.
Cümhuriyyətin süqutu ərəfəsində Azərbaycan Ordusunda hər biri üç piyada alayından ibarət olan iki piyada diviziyası, iki əlahiddə piyada diviziyası, üç alaydan ibarət olan süvari diviziyası, artilleriya briqadası və digər hissə və bölmələr mövcud idi. Məhz bu qüvvələrin vasitəsilə 1920-ci ilin mart ayında Ermənistanın hərbi qüvvələrinin və Qarabağdakı separatçı qüvvələrin Azərbaycanın müstəqilliyinə qarşı geniş hərbi təcavüzünün qarşısını almaq mümkün oldu.
1920-ci il aprelin 28-də 70 mindən artıq olan bolşevik hərbi qüvvələrinin hərbi müdaxiləsi nəticəsində Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti süqut etdi. Azərbaycanda hakimiyyət bolşeviklərin əlinə keçdikdən sonra Hərbi Nazirliyin bazasında Azərbaycanın Hərbiyyə və Bəhriyyə Komissarlığı yaradıldı. Əvvəlcə Çingiz İldırım, sonra isə Əliheydər Qarayev hərbiyyə və bəhriyyə komissarı vəzifəsinə təyin edildilər.
1922-ci ilin sonlarına, yəni SSRİ təşkil edilənədək Azərbaycan və onun Hərbiyyə və Bəhriyyə Komissarlığı formal müstəqilliyini saxladı. Azərbaycan SSRİ tərkibinə daxil edildikdən sonra Hərbiyyə və Bəhriyyə Komissarlığı nazirlik statusunu itirmiş oldu. Azərbaycanda hərbi işlərə rəhbərlik SSRİ mərkəzi orqanlarının səlahiyyətinə keçdi.
XX əsrin sonlarında ölkədə siyasi hakimiyyətin böhranlı hala düşməsi və müttəfiq respublikalarda milli azadlıq hərəkatının genişlənməsi Azərbaycanda Müdafiə Nazirliyinin bərpası üçün real imkanlar açdı. 1991-ci il avqustun 30-da Azərbaycan Respublikasının Ali Soveti “Milli özünümüdafiə qüvvələrinin yaradılması haqqında” qərar qəbul etdi. Həmin qərarın əsasında 5 sentyabr 1991-ci il tarixli fərmanla Azərbaycanda Müdafiə Nazirliyi təşkil edildi və milli ordunun yaradılmasına başlandı. 1991-ci il oktyabr ayının 9-da isə respublika Ali Soveti tərəfindən ordu quruculuğunun hüquqi bazası olan “Azərbaycan Respublikasının Silahlı Qüvvələri haqqında” qanun qəbul edildi.
Lakin bir tərəfdən  Azərbaycan daxilində hərbi-siyasi vəziyyətin mürəkkəb olması, hakimiyyətdə olan qüvvələrin ordu quruculuğu sahəsində səriştəsizliyi, digər tərəfdən də ictimai-siyasi hərəkatların ordu daxilində təfriqə yaratmaq cəhdləri, 6 ay ərzində müdafiə naziri vəzifəsinə 4 dəfə təyinatın aparılması həm Müdafiə Nazirliyinin, həm də Azərbaycan Ordusunun formalaşmasına dağıdıcı təsir göstərdi.
1993-cü ildə ümummilli lider Heydər Əliyev xalqın təkidli tələbi ilə yenidən hakimiyyətə qayıtdı və Azərbaycan Ordusunun formalaşdırılması prosesinə başlanılması yeni mərhələyə qədəm qoydu. Məhz ulu öndər Heydər Əliyev yerli özünümüdafiə və könüllü batalyonlar adı altında fəaliyyət göstərən silahlı birləşmələri ləğv edərək, vahid komandanlığa tabe olan nizami ordu yaratdı. Ali Baş Komandanın ön xəttə səfər edərək döyüşçülərimizlə səngərdə görüşməsi və onları döyüşə ruhlandırması öz bəhrəsini verdi. Siyasiləşmiş silahlı birləşmələr əsl mənada hərbiləşdirildi, pərakəndəlik aradan qaldırılaraq vahid komandanlıq bərqərar oldu və bundan sonra Azərbaycan Ordusu güclənməyə başladı. Çox keçmədi ki, 1994-cü ilin əvvəllərində Füzuli rayonunun Horadiz qəsəbəsi istiqamətində düşmənə qarşı uğurlu hərbi əməliyyat həyata keçirildi. 1994-cü il mayın 12-də elan olunan atəşkəsdən sonra Azərbaycanda nizami, müasir səviyyyəli ordunun qurulması prosesinə böyük inamla start verildi. Ümummilli lider Heydər Əliyevin 1998-ci il 22 may tarixli qərarına əsasən, 26 iyun - Silahlı Qüvvələr Günü elan olundu.
Sabitlik, dinamik iqtisadi inkişafla yanaşı, güclü ordu quruculuğu müasir Azərbaycanı xarakterizə edən əsas amillərdən biridir. Son illər ölkəmizin iqtisadi qüdrətinin artması sosial məsələlərin həllinə və milli ordumuzun möhkəmlənməsinə geniş imkan yaradıb. Dövlət büdcəsindən hərbi sahəyə ayırılan xərclərin dəfələrlə artırılması ordumuzun bütün istiqamətlər üzrə potensialının yüksək səviyyəyə çatdırılmasına yol açıb. Hazırda Azərbaycan Ordusu dövlət rəhbərliyinin böyük qayğısı sayəsində özünün yüksək inkişaf mərhələsini yaşayır. Azərbaycan öz ordusunun gücünü, hərbi kadrların peşəkarlıq səviyyəsini durmadan artırır, hərbi qüdrətini yüksəldir.
Orduda döyüş əhval-ruhiyyəsini yüksəldən əsas amillərdən biri də Azərbaycan  Prezidenti, Silahlı Qüvvələrin Ali Baş Komandanı İlham Əliyevin hərbi hissələrə, xüsusən cəbhə xəttinə ardıcıl səfərlər etməsidir. Ön xətdə xidmət edən əsgər və zabitlərimizlə hər görüşündə onlara sonsuz mübarizə əzmi aşılayan Ali Baş Komandan bununla da orduya diqqət və qayğısını əyani şəkildə nümayiş etdirir.
Hazırda Azərbaycan Ordusu regionun güclü ordularındandır. Silahlı Qüvvələrin Ali Baş Komandanı İlham Əliyevin iradəsi və qayğısı sayəsində Azərbaycan Ordusu güclü maddi-texniki bazaya malikdir və ən müasir silah-sursatla təmin olunmaqdadır. Bu gün Azərbaycan Ordusu ölkəni istənilən təcavüzdən qorumağa qadirdir. Elə şanlı hərbi qələbəmiz olan aprel döyüşləri də bir daha ordumuzun gücünü göstərib. Azərbaycan əsgəri, zabiti göstərdi ki, kim nəyə qadirdir.
2013-cü il oktyabrın 22-dən Azərbaycan Respublikasının Müdafiə Nazirliyinə general-polkovnik Zakir Həsənov rəhbərlik edir.