Heydər Əliyev adına Hərbi İnstitut Azərbaycan Respublikası Müdafiə Nazirliyinin strukturuna daxil olan Milli Müdafiə Universitetinin tabeliyində fəaliyyət göstərən, orta ixtisas təhsili, ali və əlavə təhsil proqramlarını həyata keçirən, tətbiqi elmi tədqiqatlar aparan xüsusi təyinatlı ali təhsil müəssisəsidir. Heydər Əliyev adına Hərbi İnstitut Heydər Əliyev adına Ali Hərbi Məktəbin hüquqi varisidir.
Heydər Əliyev adına Azərbaycan Hərbi İnstitutun tarixi 1918-ci il fevral ayının 6-da Müsəlman Korpusunun komandiri general-leytenant Əliağa Şıxlinskinin bolşevik inqilabından sonra Cənubi Qafqazda legitim hakimiyyət orqanı olan Zaqafqaziya komissarlığına məktubla müraciət etməsi və Milli Hərbiyyə Məktəbinin açılması haqqında icazə istəməsi ilə başlayır.
Zaqafqaziya Komissarlığının razılığı ilə 1918-ci il mart ayının 1-də Tiflis şəhərində Milli Hərbiyyə Məktəbi açılmış elan edildi və poruçik Cahangir bəy Zeynalbəy oğlu Nəsirbəyov Milli Hərbiyyə Məktəbinin rəisi təyin edildi, elə həmin gün də məktəbin dəftərxanası fəaliyyətə başladı və dərhal da kursant qəbulu elan edildi.
Korpus komandiri Əliağa Şıxlinskinin əmri ilə Milli Hərbiyyə Məktəbinin daimi heyəti və dəftərxanası 1918-ci il aprel ayının 2-də Tiflisdən Gəncəyə köçürüldü və həmin ayın 8-də Gəncədəki sənət məktəbində yerləşdirilərək öz fəaliyyətini davam etdirdi.
1918-ci ilin aprel ayında bolşevik-daşnak qoşunlarının Gəncə üzərinə hücuma başlaması ilə Azərbaycanda hərbi vəziyyət mürəkkəbləşdiyi üçün Milli Hərbiyyə Məktəbinin fəaliyyəti müvəqqəti olaraq dayandırıldı. Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin elan olunmasından dərhal sonra, yəni 1918-ci il may ayının sonunda – iyun ayının əvvəllərində bu məktəbin fəaliyyəti yenidən bərpa edildi. 1918-ci il oktyabr ayının 27-də Milli Hərbiyyə Məktəbinin ilk buraxılışı oldu. Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti hərbi nazirinin 1 dekabr 1918-ci il tarixli əmri ilə Gəncədə yerləşmiş Milli Hərbiyyə Məktəbi Praporşiklər Məktəbi adlandırılaraq məzunlarına ilk zabit rütbəsi verdi. 1919-cu il oktyabr ayının 31-də hərbi nazir Səməd bəy Mehmandarovun əmri ilə Praporşiklər Məktəbi yenidən Hərbiyyə Məktəbi adlandırıldı. Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti süqut etdikdən sonra, 1920-ci il may ayının 25-də Hərbiyyə Məktəbi Azərbaycan Birləşmiş Hərbiyyə Məktəbi adlandırıldı. 1923-cü ildə Əliağa Şıxlinski, 1924-cü ildə isə Səməd bəy Mehmandarov bu məktəbdə müəllim işləməyə cəlb edildilər. 1930-cu ilin noyabr ayında Zaqafqaziya Hərbi Hazırlıq Məktəbi yenidən formalaşdırılaraq Serqo Orconikidze adına Bakı Piyada Məktəbi adlandırıldı və Qızıl Ordu üçün təhsil müddəti 3 il olmaqla zabit kadrları hazırlamağa başladı. 1933-cü ildə Bakı Piyada Məktəbi Salyan Kazarmaları şəhərciyində onun üçün nəzərdə tutulmuş binalara köçürüldü (hazırda bu binalarda təlim-tədris mərkəzi yerləşir). 1942-ci ildə Qafqaz istiqamətində hərbi şərait mürəkkəbləşəndə Bakı Hərbi Piyada Məktəbinin şəxsi heyətinin əsas hissəsi cəbhəyə göndərildi, lakin məktəbin daimi heyətinin böyük hissəsi və maddi-texniki bazası Bakıda saxlanıldı. Cəmi iki aydan sonra isə bu məktəbə fəaliyyəti dayandırılmış Qroznı Hərbi Piyada Məktəbi kursantlarının bir hissəsi gətirildi, kursant heyəti yenidən komplektləşdirildi, məktəb öz fəaliyyətini bərpa etdi və ikiaylıq kursdan sonra, yəni 1942-ci ilin sonunda Qroznıdan gəlmiş təxminən 80 nəfər kursant zabit rütbəsində cəbhəyə göndərildi. 1954-cü ilin mart ayında bu hərbi məktəb Bakı Hərbi Məktəbi adlandırılmışdır. 1958-ci ildə tədris prosesinin yüksəldilməsi məqsədilə məktəbdə yenidən təşkilatlanma işləri həyata keçirilmiş və Bakı Ali Ümumqoşun Komandanlıq Məktəbi adlandırılmışdır. 1966-cı ildə Bakı Ali Ümumqoşun Komandanlıq məktəbinə Azərbaycan SSR Ali Sovetinin adı verilmişdir. 1992-ci ilin may ayında Bakı Ali Ümumqoşun Komandanlıq Məktəbi Azərbaycan Respublikasının hüquqi tabeliyinə keçirilmişdir. Yeni yaranmış müstəqil respublikanın Silahlı Qüvvələri və digər qoşun növlərinin müxtəlif ali hərbi ixtisaslı zabit kadrları ilə komplektləşdirilməsi zərurəti yarandığı üçün məktəb Bakı Ali Birləşmiş Komandanlıq Məktəbi adlandırılmışdır. Burada 1992 – 1997-ci illərdə zabit kadrlarının hazırlanması üzrə tədris prosesi keçmiş Sovet İttifaqının hərbi tədris sisteminə əsasən həyata keçirilmişdir. 1996-cı ildə Türkiyə Respublikası ilə Azərbaycan Respublikası arasında imzalanmış protokola əsasən, Türkiyə Silahlı Qüvvələri zabitlərinin köməkliyi ilə məktəbdə müasir standartlara uyğun tədris sisteminə keçid üçün müvafiq işlər aparıldı. Bununla əlaqədar, 1997-ci ildən başlayaraq keçmiş Bakı Ali Hərbi Dənizçilik Məktəbinin nəzdində hər il yeni kursant taboru yaradılmış və 4 kursant taborunun formalaşdırılması üzrə işlər 2000-ci ildə sona çatdırılmışdır. 2001-ci ilin avqust ayında Azərbaycan Respublikasının Prezidentinin fərmanına əsasən fəaliyyət göstərən hərbi məktəblər Azərbaycan Ali Hərbi Məktəbi, Azərbaycan Ali Hərbi Təyyarəçilik Məktəbi və Azərbaycan Ali Hərbi Dənizçilik Məktəbi adlandırılmışdır. Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 10 mart 2004-cü il tarixli fərmanına əsasən, məktəb Azərbaycan Respublikasının Ümummilli Lideri Heydər Əliyevin adını daşıyır. Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 24 dekabr 2015-ci il tarixli sərəncamına əsasən, Azərbaycan Ali Hərbi Təyyarəçilik və Azərbaycan Ali Hərbi Dənizçilik məktəbləri ləğv edilmiş, Quru Qoşunları, Hərbi Hava Qüvvələri, Hava Hücumundan Müdafiə və Hərbi Dəniz Qüvvələri fakültələri yaradılmaqla Heydər Əliyev adına Azərbaycan Ali Hərbi Məktəbinə birləşdirilmişdir. Xüsusi təyinatlı tədris müəssisələri şəbəkəsinin fəaliyyətini təkmilləşdirmək məqsədilə Azərbaycan Respublikasının Prezidenti cənab İlham Əliyevin 5 mart 2022-ci il tarixli, 1626 nömrəli fərmanı ilə Heydər Əliyev adına Ali Hərbi Məktəbin əsasında Heydər Əliyev adına Hərbi İnstitut yaradılaraq Milli Müdafiə Universitetinin tabeliyinə verildi.
II Qarabağ müharibəsində müstəqil Azərbaycanın bütövlüyü və suverenliyinin qorunmasında tədris ocağının kursant və məzunları fəal iştirak etmişlər. 1992-ci ilin dekabrında Ümumqoşun fakültəsinin birinci kursunun şəxsi heyətindən ibarət tabor yaranmış və döyüş tapşırığını yerinə yetirmək üçün Ağdam bölgəsinə göndərilmişdir. Gənc kursant taboru vətənpərvərlik və cəsurluq nümunələri göstərərək döyüş tapşırığını itkisiz yerinə yetirmişdir. 1993-cü ilin fevralında ümumqoşun fakültəsinin ikinci kursundan 72 nəfərdən ibarət bölük yaradılmış, döyüş tapşırığını yerinə yetirmək üçün Ağdərə bölgəsinə göndərilmişdir. Əməliyyatları yerinə yetirərkən 8 nəfər şəhid olmuş, 5 nəfər isə itkin düşmüşdür. 2016-cı ilin Aprel döyüşləri zamanı erməni təcavüzünün qarşısını layiqincə dəf edən məktəbin 20 məzunu şəhidlik zirvəsinə ucalmışdır. 27 sentyabr 2020-ci ildə başlanan II Qarabağ müharibəsində H.Əliyev adına Azərbaycan Ali Hərbi Məktəbinin 4-cü kurs kursantları və zabit-gizir heyəti də qatılmışdır. 29 sentyabr 2020-ci ildən etibarən Ali Hərbi Məktəbin 500-dən çox 4-cü kurs kursantı və yüzlərlə zabit-giziri Vətən müharibəsində iştirak üçün cəbhə xəttinə yollanmış, 4-cü kurs kursantları "kiçik leytenant" hərbi rütbəsi ilə müxtəlif vəzifələrdə döyüşlərdə iştirak etmişdirlər. Ali Hərbi Məktəbin hərbi qulluqçularından 10 nəfər şəhid olmuş, 28 nəfər müxtəlif dərəcəli bədən xəsarəti almış və qazilik mərtəbəsinə yüksəlmiş, 400 nəfərdən çoxu isə göstərdikləri şücaətə görə orden və medallarla təltif olunmuşdur.
Döyüşlərdə göstərdiyi igidliklərinə görə məktəbin məzunlarından bir qismi Azərbaycan Respublikası Prezidentinin fərmanı ilə Azərbaycanın Milli Qəhrəmanı və başqa fəxri adlara layiq görülmüşdür.
Hazırda Heydər Əliyev adına Hərbi İnstitutun 3 fakültəsində (Quru Qoşunları və Ümumfənlər fakültəsi, Hərbi Hava Qüvvələri fakültəsi və Hərbi Dəniz Qüvvələri fakültəsi) 23 hərbi ixtisas üzrə zabit kadrları hazırlanır. Burada hərbi ixtisaslarla yanaşı, təhsilalanlara ali təhsil pilləsinin bakalavriat səviyyəsi üzrə “sistemlər mühəndisliyi”, “aerokosmik mühəndislik”, “radiotexnika və telekommunikasiya mühəndisliyi”, “elektrik və elektronika mühəndisliyi” və “mexanika mühəndisliyi” ixtisasları üzrə mütəxəssislər hazırlanır.
Məktəbin məzunlarına təhsil aldıqları ixtisaslara uyğun «bakalavr» diplomu və «leytenant» hərbi rütbəsi verilir.