Rüstəm bəy Məmməd ağa oğlu Şıxlinski 1878-ci ildə Yelizavetpol quberniyasının Qazax qəzasının Qazaxlı kəndində (indiki Qazax rayonunun Aşağı Salahlı kəndində) dünyaya gəlib. O, general-leytenant Əlağa Şıxlinskinin qardaşı oğlu, general-mayor Cavad bəy Şıxlinskinin qardaşı, yazıçı İsmayıl Şıxlının dayısıdır. 
Rüstəm bəy ümumi təhsilini zadəgan övladlarının təhsil alması üçün nəzərdə tutulan Tiflis Kadet Korpusunda alıb, sonra isə Sankt-Peterburqdakı Mixaylovskoye Artilleriya Məktəbinə qəbul olaraq kursant kimi hərbi xidmətə başlayıb. Məzun olduqdan sonra "podporuçik" hərbi rütbəsi ilə 1-ci Qafqaz Ordusu Korpusunun 39-cu Artilleriya Briqadasına göndərilib. 1 yanvar 1909-cu ildə "ştabs-kapitan" rütbəsinə yüksəlib. 1910-cu ildən 1-ci Qafqaz Atıcı Artilleriya Diviziyasında xidmət edib.
Birinci Dünya müharibəsində 1-ci Qafqaz Atıcı Artilleriya Diviziyasında döyüşüb.
Müharibədə göstərdiyi igidliyə görə müxtəlif orden və medalla mükafatlandırılıb. 1915-ci ildə hərbi xidmətdə göstərdiyi şücaətə görə üzərində "İgidliyə görə" yazısı olan 4-cü dərəcəli "Müqəddəs Anna", "Müqəddəs Georgi" və 4-cü dərəcəli "Müqəddəs Vladimir" (qılınc və yayla birgə) ordeni ilə təltif edilib. 
1917-ci ilin sonlarında Rüstəm bəy Azərbaycana geri dönüb. Vətənə geri döndükdən sonra Qafqaz Cəbhəsinin Baş Komandanı general M.A.Prejevalskinin əmri ilə yeni formalaşdırılan Müsəlman Korpusunda xidmətə başlayıb. Bu korpusun komandanı general-leytenant Əlağa Şıxlinski idi. 1918-ci ilin iyulun əvvəlində bu korpus ləğv edilib və Anadoludan yenicə gələn dəstələrlə birlikdə Nuru Paşanın komandanlığı ilə formalaşdırılan Qafqaz İslam Ordusunun tərkibinə daxil edilib. Bu zaman "podpolkovnik" rütbəsində olan Rüstəm bəy Şıxlinski yeni yaradılan Ağır Artilleriya Diviziyasının komandiri təyin edilib. O, bundan sonra Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti Ordusunda xidmətini davam etdirib. Polkovnik Rüstəm bəy Şıxlinski 1918-ci ildə Ağdamdakı pulemyot məktəbinin rəisi və Topçu hissəsinin komandiri kimi fəaliyyət göstərib.
O, 2-ci Dağ Artilleriya Diviziyasına, 5 fevral 1919-cu ildən isə Əlahiddə Haubitsa Diviziyasına komandanlıq edib. 28 fevralda "polkovnik" rütbəsinə yüksəlib. 
Azərbaycan Ordusuna daxil olan hərbçilərin peşəkarlıq səviyyəsini artırmaq, yeni vətəndaşları orduya cəlb etmək üçün 1919-cu ilin oktyabrında Azərbaycan Respublikasının praporşik məktəbinin bazasında piyada, artilleriya, mühəndislik və digər şöbələrdən ibarət Hərbi Məktəb yaradılıb. Müxtəlif dövrlərdə məktəbə polkovnik Şirin bəy Kəsəmənli, polkovnik Rüstəm bəy Şıxlinski və general-mayor Konstantin Çxeidze rəhbərlik edib.
Rüstəm bəy Şıxlinski 1920-ci ildə AXC-nin bolşeviklər tərəfindən işğalına qarşı baş qaldıran Gəncə üsyanının əsas təşkilatçılarından və rəhbərlərindən biri olub. O, Gəncə üsyanı yatırıldıqdan sonra 1920-ci ildə bolşeviklər tərəfindən güllələnib. 

"Azərbaycan Ordusu"