Əbülfət ağa Nəcəfqulu ağa oğlu 1858-ci ilin oktyabr 17-də Şərur-Dərələyəz qəzasının Şahtaxtı kəndində anadan olub. O, XIX əsrin görkəmli jurnalisti İsa Sultan Şahtaxtinskinin (1851-1894) kiçik qardaşı idi. Ataları Nəcəfqulu ağa dövrünün ən zəngin zadəganlarından biri olub və o da Rusiya İmperiya ordusunda hərbçi kimi xidmət edib.
Əbülfət ağanın babası Hacı İsa Sultan, həmçinin ulu babaları İmamqulu Sultan, Şah Sultan və digərləri də dövrünün tanınmış hərbçiləri olublar. Azərbaycanın ictimai-siyasi və mədəni həyatında mühüm xidmətləri olmuş nüfuzlu Şahtaxtinskilər nəsli Azərbaycan tarixinə Məhəmməd ağa Şahtaxtinski, Behbud ağa Şahtaxtinski, İsa Sultan Şahtaxtinski, Həmid bəy Şahtaxtinski kimi görkəmli şəxsiyyətlər bəxş edib. 
Tanınmış ziyalı və hərbçi olan Nəcəfqulu ağa oğlu Əbülfət ağaya ilk təhsili evdə verib. Sonra isə Naxçıvan şəhərindəki rus məktəbində oxutdurub. 1871-ci ildə Nəcəfqulu ağa oğlu Əbülfət ağanı Tiflisə aparıb və təhsilini davam etdirmək üçün onu Tiflis Realnı gimnaziyasına qoyub. Əbülfət ağa 1877-ci ildə gimnaziyanı uğurla başa vurub, həmin ildə Peterburq Texnologiya İnstitutuna qəbul olub.
Azadlıq mücahidi olan Əbülfət ağa oxuduğu institutda tələbə hərəkatına qoşulub, tələbələri qadağan olunmuş toplantılara təhrik etdiyinə görə 1879-cu ilin dekabrında institutdan xaric edilib. Yaşadığı mənzilində aparılan axtarışlar zamanı məlum olub ki, o, həm də Moskva və Peterburqda təhsil alan qafqazlı tələbələrin yaratdıqları "İmdadiyyə" adlı gizli dərnəyin üzvüdür. Bu dərnək 1878-ci ildə Həsən bəy Zərdabinin və Nəcəf bəy Vəzirovun təşəbbüsü ilə yaradılmışdı.
3 mart 1878-ci ildə 20 yaşlı Əbülfət ağanın Nəcəf bəy Vəzirova yazdığı məktubdan: ""İmdadiyyə"nin əsas müddəalarının müzakirəsini təxirəsalınmaz vəzifəmizə çevirir. Müzakirə ona görə lazımdır ki, biz ölkənin müxtəlif yerlərinə yollanarkən bir məqsəd uğrunda hərəkət edə bilək. Biz öz məqsədimizə nail olmaq üçün bütün vasitələri nəzərdən keçirməliyik. Həmin məqsəd kifayət qədər aydın və dəqiq şəkildə müəyyənləşdirilməlidir. Məqsədimiz sakitliyimizi pozan vicdan əzabının burjua rahatlığı naminə dəf edilməsi deyil. Məqsədimiz pisliyin kökünü yerli-dibli kəsmək üçün mümkün qədər çox işlək əl hazırlamaqdır. Biz vasitə və vəsait axtarırıq, deməli, onda işçi əllər, ağırlığı öz üzərinə götürən qüvvələr tərbiyə etməliyik. Biz tərəqqipərvər adamlar kimi, nəzərlərimizi yalnız cəmiyyətin aşağı təbəqələrinə yönəltməliyik".
Bu məktub Rusiya İmperiya Təhlükəsizlik İdarəsinin əlinə keçir. Onlar məktubu monarx II Aleksandra təqdim edirlər. Çar isə belə bir dərkənar yazır: "Göstərilən şəxslərin üzərinə diqqət hökmən gücləndirməlidir". Bundan sonra cəza tədbiri olaraq Əbülfət ağa institutdan qovulur və ona Rusiyanın ali məktəblərində oxumaq qadağan edilir.
1879-cu ildə Əbülfət ağa Moskvaya gəlib və ekstern yolla Lazarev adına Şərq Dilləri İnstitutuna qəbul olaraq təhsil alıb. Lakin o, burada da diplom ala bilmir. Əbülfət ağa növbəti dəfə təhsil almaq üçün Almaniyaya gedib. 1880-ci ildə Heydelberq universitetində diplom işini müdafiə edərək, bakalavr dərəcəsini alıb. 
Rusiyaya qayıtdıqdan sonra demokratik baxışlarına və monarxiyaya qarşı çıxışlarına görə onu heç bir işə götürməyirlər. Ona görə də Əbülfət ağa məcbur olub dördüncü dəfə ali təhsil almalı olur. O, hərbi sahə ilə daha çox maraqlandığı üçün 1881-ci ildə Peterburq Yunkerlər məktəbinə imtahan verərək qəbul olur və oranı əla qiymətlərlə bitirir.
8 avqust 1883-cü ildə "praporşuk" rütbəsi alaraq Semenovski Xilasedicilər Alayına xidmətə göndərilib. O, alayda bacarıqlı zabit kimi tanınıb. 14 noyabr 1883-cü ildə Xarici İşlər Nazirliyinin Asiya Departamentinin Təhsil Şöbəsinin "Şərq dilləri üzrə Zabit kursu"na göndərilib. 30 avqust 1884-cü ildə "podporuçik" rütbəsi alıb. 28 avqust 1885-ci ildə "Şərq dilləri kursu"nda dinləyici kimi iştirak etmək üçün Baş Qərargaha göndərilib. Nümunəvi hərbçi olduğuna görə o, 30 avqust 1885-ci ildə "poruçik" rütbəsi ilə təltif edilib. 28 iyun 1886-cı ildə Qafqaz Hərbi Dairəsinin qərargahına ezam olunub. 3 noyabr 1886-cı ildə İrəvan quberniyasının qərarı ilə Aleksandropol dairə komandirinin böyük köməkçisi təyin edilib. 20 aprel 1887-ci ildə ona "ştabs-kapitan", 7 avqust 1889-cu ildə isə xidmətdə fərqləndiyinə görə "kapitan" rütbəsi verilib.
11 noyabr 1889-cu ildə Ərdahan Piyada Ehtiyat Alayına köçürülüb. 20 dekabr 1889-cu ildən alayın 2-ci bölüyünə komandirlik edib. 26 dekabr 1891-ci ildə Zabit Atıcılıq Məktəbinə kurs keçmək üçün ezam olunub. 31 avqust 1892-ci ildə Zabit Atıcılıq Məktəbinin kursunu bitirib. 
26 fevral 1896-cı ildə ona "podpolkovnik" rütbəsi verilib və 77-ci Tenqin Piyada Alayına göndərilib. 1896-cı il mayın 7-dən alayın 3-cü taborunun müvəqqəti komandiri olub. 25 may 1896-cı ildə 4-cü taborun komandiri, 23 iyun 1902-ci ildə 1-ci taborun komandiri təyin edilib.
1904-cü il aprelin 16-da 20-ci Şərqi Sibir Atıcı Alayına xidmətə göndərilib. 4 iyul 1904-cü ildə yenidən 77-ci Tenqin Piyada Alayına qaytarılıb. 1904-cü il sentyabrın 20-də 259-cu Qori Ehtiyat Piyada Alayına göndərilib. 
1904-cü il oktyabrın 19-da ailə vəziyyətinə görə hərbi geyim forması daşıma hüququ və təqaüdlə təmin edilərək xidmətdən azad edilib.
5 mart 1905-ci ildə yenidən xidmətə qayıdıb və 212-ci Baxçasaray Piyada Alayına təyin edilib. Alayla birlikdə Rus-Yapon müharibəsində iştirak edib. 1905-ci il iyunun 13-də 3-cü taborun komandiri təyin edilib.
1906-cı il yanvarın 4-də 259-cu Qori Ehtiyat Piyada Alayına göndərilib. 1906-cı il iyunun 4-dən alayın 1-ci taboruna komandirlik edib. 
Xidməti borcunu ləyaqətlə yerinə yetirən Əbülfət ağa, həmçinin məşhur Port-Artur döyüşlərində də iştirak edib.
1909-cu il aprelin 29-da istehkamçı bacarıqlarını artırmaq üçün Aleksandropol düşərgəsindəki 1-ci Qafqaz İstehkamçı taboruna göndərilib. 1910-cu il martın 16-dan aprelin 21-dək isə Kutaisi şəhərinin komendantı vəzifəsini icra edib. 31 may 1910-cu ildən "polkovnik" rütbəsinə yüksəlib. 
Əbülfət ağa Şahtaxtinski bir sıra Şərq dilləri ilə yanaşı, alman, fransız və ingilis dillərini də mükəmməl bilib. Ona görə də 1912-ci ildə Rusiyanın hərbi nümayəndəsi kimi İsveçrə ordusunun manevrlərini və döyüş imkanlarını müşahidə etmək üçün bu ölkəyə müşahidəçi kimi ezam olunub.
Arxiv materiallarından da məlum olur ki, Əbülfət ağa Şahtaxtinski Sankt-Peterburqda, Tiflisdə, İrəvanda, Ərdahanda, Gümrüdə, Bakıda, Kutaisidə, Qoridə, həmçinin İsveçrədə hərbi xidmətdə olub. 
Polkovnik Əbülfət ağa Şahtaxtinskinin hərbi şücaətləri hökumət tərəfindən yüksək qiymətləndirilib. O, orduda əla xidmətinə görə 1892-ci ildə 3-cü dərəcəli "Müqəddəs Stanislav", 1900-cü ildə isə 3-cü dərəcəli "Müqəddəs Anna", 1906-cı ildə 2-ci dərəcəli "Müqəddəs Anna", 1907-ci ildə 2-ci dərəcəli "Müqəddəs Stanislav" ordeni ilə təltif olunub. 1908-ci ildə onun orduda qüsursuz hərbi xidmətinin 25 ili tamam olub. Bu münasibətlə ona 4-cü dərəcəli "Müqəddəs Vladimir" ordeni verilib. 1909-cu ildə Şərqi Qafqazın fəthinin 50 illiyi xatirəsinə "Qafqaz Xaç"ı, "Poltava döyüşünün 200 illiyi xatirəsinə" medalı, 1913-cü ildə "1812-ci il Vətən müharibəsinin 100 illiyi xatirəsinə" medalı və "Romanovlar nəslinin hakimiyyətinin 300 illiyi xatirəsinə" medalı ilə təltif olunub. 
Əbülfət ağa Rusiya çarının bir sıra medallarına da layiq görülüb. O, Rusiya çarı III Aleksandrın 1883-cü ildə tacqoyma mərasimində mühafizə qoşununda olduğundan İmperator Həzrətlərinin Müqəddəs Tacqoymasının tünd bürünc xatirə medalı, həmçinin III Aleksandrın fəaliyyəti ilə bağlı sinəyə taxılan, gümüşdən hazırlanmış medalla (Aleksandr lentli) da təltif edilib.
Bunlardan əlavə o, bir sıra xarici ölkələrin də yüksək hərbi mükafatlarının kavaleri olub. Belə ki, o, İranın 4-cü dərəcəli (1889), 3-cü dərəcəli (1901) və 2-ci dərəcəli (1903) "Şire-Xorşid" ordeni, Buxara Əmirinin 2-ci dərəcəli "Ucalan Ulduz" qızıl ordeni (1899), Fransanın "Yuxarı Reyn Sularında Xilasetmə Cəmiyyəti"nin qızıl medalı (1903) ilə mükafatlandırılıb.
Əbülfət ağa dünya şöhrətli alim-naşir Məhəmməd ağa Şahtaxtinskinin qızı Balabəyim xanımla ailəli olub. Məhəmməd ağa Şahtaxtinski həm də Əbülfət ağanın doğma əmisi oğlu olub. Əbülfət ağa ilə Balabəyim xanımın nikahından Qonçabəyim (31 mart 1885-?) adlı qızı, Sadıq ağa (3.08.1889-?), Qasım ağa (19.01.1894-?), Nəcəfqulu ağa (22.07.1898-16.11.1937) və Abbas ağa (13.03.1905-1975) adlı oğulları olub.
Polkovnik Əbülfət ağa Şahtaxtinski 1913-cü il martın 6-da Kutaisi şəhərində xəstəlik (ürək çatışmazlığı) səbəbindən vəfat edib. Martın 13-də cənazəsi doğma kəndi Şahtaxtıya gətirilərək burada dəfn edilib.
Əsilzadə nəslindən olan polkovnik Əbülfət ağa hərb sahəsi ilə yanaşı, həm ədəbi, həm də maarifçilik sahəsində də xalqımız üçün əvəzsiz xidmətlər göstərib. O, məşhur alman yazıçısı Y.V.Hötenin "Gənc Verterin iztirabları" əsərini alman dilindən Azərbaycan dilinə tərcümə edib.
Öz hərbi hünəri ilə tarixdə iz qoymuş, elmi ilə müasirlərini heyran edən polkovnik Əbülfət ağa Şahtaxtinski Vətəndən uzaqlarda yaşayıb işləsə də, nə ana dilini, nə də mənsub olduğu İslam dinini unutmamışdı. Bu görkəmli şəxsiyyətdən xalqımıza əvəzsiz bir hədiyyə də yadigar qalıb. Azərbaycan tarixi muzeyində 1877-ci ildə fransız dilində nəşr olunan "Quran" kitabı saxlanılır. Kitabın titul səhifəsinə "Əbülfət ağa Şahtaxtinski"nin şəxsi möhürü vurulub. Hətta Əbülfət ağanın öz dəsti-xətti ilə yazdığı avtoqraf da var. 
Polkovnik Əbülfət ağa Şahtaxtinskinin vətənpərvərliyi, keçdiyi elmi və hərbi yolu gənclərimizə həmişə nümunədir.
Bəzi mənbələrdə Əbülfət ağanın oğlanlarından üçünün hərbçi olması barədə məlumatlar da var. Bu məlumatlara görə Sadıq ağa Şahtaxtinski Petroqradda təhsil alıb. 1918-ci ilin fevralında könüllülər dəstəsində Qırmızı Ordu sıralarına daxil olub. O, sovet ordusunun qərargah zabiti olub və komanda heyətinin idarə rəisi vəzifəsinədək yüksəlib.
Əbülfət ağanın digər oğlu Nəcəfqulu ağa Şahtaxtinski Tiflisdə hərbi kadet məktəbini, sonralar Sankt-Peterburqdakı Mixaylovsk Artilleriya məktəbini bitirib və 1918-ci ilədək çar ordusunda xidmət edib. 1918-ci ildə Azərbaycana gəlib və Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti ordusunda milli kadrların yetişdirilməsində yaxından iştirak edib. 1920-ci il aprelin 28-də Azərbaycanda Sovet hökuməti qurulduqdan sonra artilleriya polkunda qərargah rəisi olub. 1931-ci ildən başlayaraq “NKVD” tərəfindən təqib olunub, həbs edilərək sürgünə göndərilib. 1937-ci ilin dekabrında "troyka"nın (üçlüyün) qərarı ilə güllələnib. 
Əbülfət ağanın kiçik oğlu Abbas ağa 1920-ci ilin əvvəllərində Kreml yanındakı hərbi kursantlar məktəbini bitirsə də, iqtisadiyyat sahəsində çalışıb.

"Azərbaycan Ordusu"