Cəfərqulu ağa Bakıxanov 6 fevral 1793-cü ildə (bəzi mənbələrdə 1796 və ya 1799-cu ildə Bakının Əmircan kəndində doğulduğu bildirilir) Qubada Mirzə Məhəmməd xanın (anası Sofiya xanım) ailəsində doğulub. O, görkəmli mütəfəkkir, tarixçi, alim, şair, yazıçı Abbasqulu ağa Bakıxanovun və general Abdulla ağa Bakıxanovun qardaşı idi.
Cəfərqulu ağa təhsilini əvvəlcə Dərbənddə, sonra isə Peterburqda alıb. Sonra o, Rusiya ordusunda hərbi xidmətə başlayıb. İkinci Rusiya-İran müharibəsində (1826-1828-ci illərdə) iştirakı onun ilk hərbi təcrübəsi olub. Ardınca Rusiya-Osmanlı müharibəsində (1828-1829-cu illərdə) isə Ərzurum və Mil döyüşündə iştirak edib. Hasankale və Ərzurumun tutulmasından sonra “podporuçik” rütbəsi alıb. Rusiya-İran müharibəsində göstərdiyi qəhrəmanlığa görə 1829-cu ildə üçüncü dərəcəli "Müqəddəs Anna" ordeni ilə təltif olunub.
O, 1827-ci ildə Müşkür, 1830-cu illərdə Şabran mahallarının naibi titulunu alıb. Həmçinin Buduqun da naibi olub.
Cəfərqulu ağa Bakıxanov 1838-ci ildə poruçik rütbəsi alıb və Zaqafqaziya süvari-müsəlman polkuna keçirilib. 1840-cı ildə o, “ştabs-kapitan”, bir il sonra isə Qafqaz müharibəsi dövründə “kapitan” rütbəsinə yüksəlib. 1842-1843-cü illərdə Bakıxanova Samur bölgəsində və Dağıstanda dağlılarla döyüşlərdə xüsusi fərqləndiyi üçün “ştabs-rotmistr” rütbəsi verilib və sonradan Qafqaz Korpusuna təyin edilib. Növbəti il qvardiyanın rotmistri təyin edilib. 1844-1848-ci illərdə Dağıstanda olub, Salta və Gergebil döyüşlərində də iştirak edib. 1848-ci ildə Axtaya (istehkam kəndi) edilən son hücum zamanı xüsusilə fərqlənib. Xidmətində fərqləndiyinə görə 1848-ci ildə “polkovnik” rütbəsinə layiq görülüb və "İgidliyə görə" yazısı olan qızıl qılıncla təltif edilib.
Polkovnik Cəfərqulu ağa Bakıxanov 25 illik xidmətdən sonra 26 noyabr 1850-ci ildə “general-mayor” rütbəsinə yüksəlməklə yanaşı, dördüncü dərəcəli "Müqəddəs Georgi" ordeni ilə təltif edilib. 7 sentyabr 1856-cı ildə Dərbənd nümayəndə heyətini təmsil edərək II Aleksandrın Moskvada tacqoyma mərasimində iştirak edib. 1857-ci ildən sonra Qafqaz Ordusu sıralarına göndərilib. 1864-cü il oktyabrın 18-də “general-leytenant” rütbəsinə yüksəldikdən sonra vəzifə maaşına uyğun olaraq təqaüd verilməklə (siyasi səbəblərə görə) xidmətdən tərxis olunub. 1866-cı il 19 aprel tarixində isə yenidən xidmətə çağrılıb.
Cəfərqulu ağa orduda nümunəvi xidmətinə və bütün döyüşlərdə fərqləndiyinə görə bir sıra ordenlərə - dördüncü dərəcəli "Müqəddəs Vladimir" (1830), ikinci dərəcəli "Müqəddəs Stanislav" (1842), ikinci dərəcəli "Müqəddəs Anna" (1847), üçüncü dərəcəli "Müqəddəs Vladimir" (1849), birinci dərəcəli "Müqəddəs Stanislav" (1851), birinci dərəcəli "Müqəddəs Anna" (1861) layiq görülüb.
Bakıxanov sadalanan mükafatlardan başqa, Türkiyə və İranla müharibədə iştirakına görə gümüş medallarla, həmçinin Qafqazdakı xidmətlərinə görə qızıl xaçla da mükafatlandırılıb.
Cəfərqulu ağa Xanbutay bəy Yarqunvinin qızı Çimnaz xanımla evli olub. Bu evlilikdən onların iki oğlu - Əhməd ağa Bakıxanov, Həsən ağa Bakıxanov və iki qızı - Nurcahan xanım və Ayna xanım olub.
Onun oğulları Əhməd ağa və Həsən ağa da Rusiya İmperiyasının ordusunda xidmət ediblər. Əhməd ağa Kazak polkunun leyb-qvardiyasının polkovniki, Həsən ağa isə general-mayor olub.
General-leytenant Cəfərqulu ağa Bakıxanov 12 oktyabr 1867-ci ildə Qubada vəfat edib. Onun nəşi xüsusi təmtəraqla Bakıya gətirilib və Bibiheybət məscidi yaxınlığındakı qəbiristanlıqda dəfn edilib.
Sonda bir maraqlı faktı da qeyd edək ki, Bakıxanovlar nəslində on yeddi hərbçi yetişib. Onların arasında Həsən ağa Bakıxanov, Abdulla ağa Bakıxanov “general” rütbəsinə layiq görülüblər. Cəfərqulu ağa isə “general-leytenant” rütbəsinə qədər yüksəlib.

"Azərbaycan Ordusu"