İsmayıl xan Naxçıvanski 1819-cu il yanvarın 5-də Naxçıvan xanlarından olan məşhur general-mayor Ehsan xan Naxçıvanskinin ailəsində anadan olub. O, ilk təhsilini atası Ehsan xanın sarayında alıb və fars dilini mükəmməl öyrənib. Sonralar atası Ehsan xan onu Tiflisə apararaq təhsil alması üçün kişi gimnaziyasına qoyub və həmin gimnaziyada orta təhsilini alıb. 1839-cu ildə Tiflis hərbi gimnaziyasını bitirib və hərbi xidmətə başlayıb. Bir il sonra poruçik rütbəsi alıb. Baş komandanın əmri ilə 3 mart 1845-ci ildən isə Əlahiddə Qafqaz Korpusunda süvari qoşunlarında xidmət edib.
Atasının vəfatından sonra İsmayıl xan Naxçıvanski Kəngərli tayfasının və Kəngərli süvarilərinin rəisi təyin edilib. Bu haqda əmr 19 sentyabr 1847-ci ildə verilib. 23 avqust 1848-ci ildə Rusiya çarı I Nikolay İsmayıl xanın atası general-mayor Ehsan xanın hərbi fəaliyyətini nəzərə alaraq onun oğlanları İsmayıl xana, Kalbalı xana və qızı Lalabəyimə yüksək təqaüd təyin edib.
Hərbi xidmətini uğurla davam etdirən İsmayıl xan 5 fevral 1853-cü ildə “kapitan” rütbəsinə layiq görülür. 1853-cü ildə Kəngərli süvarilərinin qoşun hissələri ləğv edilib. Bu səbəbdən İsmayıl xan yenidən, yəni, 8 iyul 1853-cü ildə Əlahiddə Qafqaz Korpusunda hərbi xidmətə göndərilib. İsmayıl xan 10 noyabr 1853-cü ildə İrəvan bəy drujinası qoşunlarının rəisi təyin edilib. O, həm də 1 may 1854-cü ildə 4 nömrəli süvari müsəlman polkuna komandir köməkçisi təyin edilib. İrəvan dəstəsinin tərkibində olan 4 nömrəli süvari müsəlman polkuna İsmayıl xan 5 dekabr 1854-cü ilədək komandir köməkçisi kimi rəhbərlik edib.
İsmayıl xana əla hərbi xidmətinə görə 4 avqust 1855-ci ildə rotmistr rütbəsi verilərək Əlahəzrətin Saray qvardiyasının kazak polkuna keçirilib.
Əla döyüş bacarığına görə 3 aprel 1860-cı ildə İsmayıl xana “polkovnik” hərbi rütbəsi verilib.
İsmayıl xan Qafqaz hərbi dairəsinin 123 nömrəli əmrinə əsasən, (5 may 1877-ci il) "ovçu müsəlmanlardan" və İrəvan quberniyasının könüllü azərbaycanlılarından təşkil olunan İrəvan qeyri-nizami polkuna komandir təyin edilib, 28 yanvar 1878-ci ilədək bu polkun komandiri olub. O, 1877-1878-ci ildə rus-türk müharibəsinin iştirakçısı olub.
Bəyazid qalası mühasirədə olarkən mərdlik, sədaqət, şücaət və yüksək döyüş bacarıqları göstərən İsmayıl xan Naxçıvanskiyə 19 dekabr 1877-ci ildə “general-mayor” hərbi rütbəsi verilib.
İsmayıl xan Naxçıvanski 28 yanvar 1878-ci ildə İrəvan qeyri-nizami süvari polkunun komandiri vəzifəsindən azad edilərək Qafqaz ordusunun sərəncamına verilib. 28 oktyabr 1890-cı ildə Rusiya çarının əmri ilə Naxçıvanda onun hərbi fəaliyyətinin 50 illik yubileyi böyük təntənə ilə keçirilib.
Rusiya imperiyasının ordusunda yüksək sərkərdəlik bacarığı və hərbi xidmətinin əlli illiyi ilə əlaqədar olaraq 28 oktyabr 1890-cı ildə İsmayıl xan süvari ordunun “general-leytenant” hərbi rütbəsi ilə mükafatlandırılıb.
İsmayıl xan döyüşlərdə göstərdiyi şücaətlərinə görə Rusiya imperiyasının 5 medalını - "İmperatorun 1837-ci ildə Qafqazı keçməsi" gümüş, "1853-1856-cı illər üçün Xatirə medalı" açıq tunc rəngli, "1877-1878-ci illər üçün Xatirə medalı" açıq tunc rəngli, "İmperator III Aleksandrın hakimiyyətinin xatirəsinə" və "İmperator I Nikolayın hakimiyyətinin xatirəsinə" gümüş medalı ilə təltif edilib.
General-leytenant İsmayıl xan Naxçıvanski üçüncü dərəcəli "Müqəddəs Stanislav" (1856, qılınc ilə), hərbi xidmətinin 25 illiyi münasibətilə dördüncü dərəcəli "Müqəddəs Vladimir" (1867), ikinci dərəcəli "Müqəddəs Stanislav" (1872, imperial tac ilə), dördüncü dərəcəli "Müqəddəs Georgi" (1877), üçüncü dərəcəli "Müqəddəs Vladimir" (1883) və birinci dərəcəli "Müqəddəs Stanislav" (1888), "Müqəddəs Anna" (1901)  ordenləri ilə təltif olunub.
Həmçinin o, İranın "Şire-Xorşid" ordeninin üç dərəcəsi ilə (üçüncü dərəcəsi brilliantla bəzədilmiş 1846-cı ildə, ikinci dərəcəsi ulduzla bəzədilmiş 1868-ci ildə, birinci dərəcəsi 1903-cü ildə) təltif edilib.
General-leytenant İsmayıl xan Naxçıvanski məşhur hərbçi Novruz ağa Kəngərlinin qızı Xanımcan xanımla ailə qurub və bu nikahlarından 12 (bəzi mənbələrdə 9) övladı olub. Qeyd edək ki, arxivlərdəki İsmayıl xana aid məlumatlarda onun övladlarının hamısının adları qeyd edilməyib.
O, 18 avqust 1908-ci ildə ordudan tərxis olunub.
İsmayıl xan Naxçıvanski 10 fevral 1909-cu ildə Naxçıvanda vəfat edib.

"Azərbaycan Ordusu"