Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 13 mart 1998-ci il tarixli Sərəncamı və müdafiə nazirinin 09 aprel 1998-ci il tarixli əmri ilə 1998-ci ildə Naxçıvan Muxtar Respublikasında C.Naxçıvanski adına Hərbi liseyin Naxçıvan filialı açılmışdır. Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 27 fevral 2004-cü il tarixli sərəncamı ilə Cəmşid Naxçıvanski adına Hərbi liseyin Naxçıvan filialı ləğv edilmiş və onun əsasında Heydər Əliyev adına Hərbi lisey yaradılmışdır.
Heydər Əliyev adına Hərbi Lisey hərbiləşdirilmiş tam orta təhsil müəssisəsidir. Hərbi liseyə qəbul 15 yaşı tamam olmuş və 17 yaşına çatmamış 9-cu sinfi bitirmiş şagirdlər riyaziyyat, fizika, Azərbaycan dili və kimya fənlərindən Dövlət İmtahan Mərkəzi tərəfindən təşkil edilən test imtahanlarını verməklə qəbul olunurlar. Hərbi liseydə təhsil müddəti 2 ildir. 2 tədris ili ərzində kursantlara Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyinin təsdiq etdiyi tədris planına əsasən, 13 fənn tədris edilir. Liseydə kursantlar ümumtəhsil fənlərini öyrənməklə yanaşı, hərbi hazırlıq və idman dərslərində qabiliyyətlərini inkişaf etdirirlər.