Распоряжением Президента Азербайджанской Республики от 13 марта 1998 года и приказом министра обороны от 09 апреля 1998 года в 1998 году в Нахчыванской Автономной Республике был открыт Нахчыванский филиал Военного лицея имени Джамшида Нахчыванского. Распоряжением Президента Азербайджанской Республики от 27 февраля 2004 года Нахчыванский филиал Военного лицея имени Джамшида Нахчыванского был упразднён и на его основе был создан Военный лицей имени Гейдара Алиева.
Военный лицей имени Гейдара Алиева является военизированным средним учебным заведением. Учащиеся, окончившие 9-й класс, которым исполнилось15 лет и не достигшие 17 лет, сдают тестовые экзамены по математике, физике, азербайджанскому языку и химии, организуемые Государственным экзаменационным центром. Срок обучения в военном лицее составляет 2 года. В течение 2 учебных лет курсантам преподается 13 предметов согласно учебному плану, утвержденному Министерством науки и образования Азербайджанской Республики. В лицее курсанты параллельно с изучением общеобразовательных предметов развивают свои способности на уроках военной подготовки и спорта.