1994-cü ilin avqust ayına kimi fəaliyyət göstərən hərbi feldşer hazırlığı fakultəsi müdafiə nazirinin əmrinə əsasən orta hərbi tibb məktəbinə çevrilmişdir.  
Tədris prosesini təkmilləşdirmək və Azərbaycan Tibb Universitetinin maddi-texniki bazasının və professor-müəllim heyətinin potensialından istifadə etmək məqsədi ilə 2000-ci ilin dekabr ayından orta hərbi tibb məktəbi Hərbi Tibb fakultəsinin tərkibinə daxil edilmişdir. 
Orta hərbi tibb məktəbində 2 il müddətində hərbi feldşerlər hazırlanır.