Действовавший в качестве подготовки военных фельдшеров факультета до августа 1994-го года был преобразован приказом министра обороны в среднеобразовательное училище.

С целью улучшения образовательного процесса, а также использования материально-техническогой базы и потенциала профессорско-преподавательской базы Азербайджайнского Медицинского Университета среднее военное училище было включено в состав Факультета военной медицины. Срок подготовки военных фельдшеров в среднем военном училище составляет 2 года.