Управление военной полиции Министерства обороны Азербайджанской Республики было создано приказом министра обороны от 10 апреля 1992 года. 
Основными направлениями службы военной полиции являются контроль за соблюдением дисциплины в воинских частях, правил поведения военнослужащих, обеспечение порядка в местах дислокации войск, обеспечение безопасного передвижения воинских колонн.
Наряды военной полиции несут круглосуточную службу в населённых пунктах, а также на стационарных и передвижных постах на маршрутах движения военного транспорта, осуществляют контроль за пропускным режимом, а также за соблюдением военнослужащими распорядка дня во время службы и боевого дежурства.
В ходе 44-дневной Отечественной войны, антитеррористических и других операций личный состав военной полиции оказал значительные услуги в организации комендантской службы на освобождённых территориях, а также в охране стратегических дорог и важных объектов.
Как в ходе боевых действий, так и в настоящее время на освобождённых от оккупации территориях военной полицией выполнены такие задачи, как организация комендантской и патрульной службы, немедленное взятие под охрану объектов особой важности по мере освобождения наших земель, создание комендантских постов, а также участие в сборе с территорий оружия и техники, оставленных подразделениями армянской армией, и их передаче соответствующим органам.
В Кинологическом центре, действующем в подчинении управления, содержатся специально обученные собаки, которые используются при разминировании, в процессе караульной службы, а также в других сферах службы.