Военно-Морские Силы Азербайджана начали формироваться после того, как англичане покинули Азербайджан в августе 1919-го года. До того времени защиту западных берегов Каспийского моря обеспечивали английский боевые корабли. А корабли Каспийского военно-морского флота были угнаны в Порт-Петровск в ходе освобождения Баку, и были возвращены лишь после прихода англичан в Баку в ноябре 1918-го года.

Во вновь созданном азербайджанском военно-морском флоте среди высокопоставленных офицеров было только два азербайджанца – капитан морской службы Гасан Чилингарзаде, служивший на корабле “Ардахан”, и капитан 1-го ранга Гитанчизаде, служивший на корабле “Астрабад”. Поскольку в Военном Министерстве не было отдела, занимавшегося вопросами флота, Каспийским военно-морским флотом занималось Министерство транспорта.

В конце 1919-го года при Генеральном штабе был создан специальный военно-морской отдел с 6 штатными единицами. В целом в состав Азербайджанского Каспийского военно-морского флота входили две канонерские лодки, оснащенные 75, 100 и 120 миллиметровыми пушками - “Ардахан” и “Карс”, служебные и вспомогательные суда “Астрабад”, “Гойтепе”, “Араз”, “Нарген”, транспортное судно “Орел”, военный пароход “Пушкин”, а также катера в необходимо количестве.

С целью подготовки кадров для военно-морского флота на базе Бакинского Морского Авиационного Училища было создано Специальное военно-морское авиационное училище, а 14 октября 1919 года было создано подразделение морской авиации.

С целью улучшения технической оснащенности в меморандуме, представленном на Парижской мирной конференции было обращение за оказанием помощи в оснащении флота подводными лодками, боеприпасами в необходимом количестве и прочими необходимыми средствами, и подана заявка на поставку 6 подлодок, боевых катеров различных видов, морского артиллерийского вооружения. В связи с падением Азербайджанской Народной Республики в 1920 году создание сильного военно-морского флота оказалось невозможным.

После обретения независимости Парламент Азербайджанской Республики принял Закон “О вооруженных силах Азербайджанской Республики” 9 октября 1991 года, в котором устанавливалась правовая основа для создания Военно-морских сил в составе Вооруженных сил. Согласно договору между обретшими независимость бывшими республиками СССР – Россией, Казахстаном, Туркменистаном и Азербайджаном, в качестве Прикаспийских государств, к Азербайджану перешли все базы Каспийского военно-морского флота, располагавшиеся на его территории, а также 25 процентов боевых кораблей флота.

26 июля 1992-го года на патрульном корабле “Бакылы” впервые был поднят трехцветный Государственный флаг независимого Азербайджана, и страна приступила к созданию своих собственных Военно-морских сил. На начальном этапе в состав Военно-морских сил вошли пять дивизионов, укомплектованных различного типа кораблями, и сухопутные подразделения. Начала восстанавливаться деятельность наблюдательных постов и маяков, расположенных в Каспийском бассейне.

С целью участия в боях за Карабах из личного состава морских и сухопутных подразделений Военно-морских сил в кратчайшие сроки был сформирован Полк морской пехоты. Полк был отправлен 19.04.1994-го года на фронт с целью предотвращения вражеского наступления в Агдамско – Тер-Терском направлении, и 25 июля 1994 года, по успешном завершении боевой задачи, полк вернулся в расположение своей части.

Согласно Закону “О Военно-морских флагах Азербайджанской Республики” от 4 ноября 1997 года было принято положение о флагах, поднимаемых на боевых и вспомогательных суднах. С 7 августа 2000-го года на всех кораблях Военно-морских сил поднимается флаг Военно-морских сил.

В рамках договора о военном сотрудничестве между Военно-морскими силами Турции и Азербайджана Азербайджану был подарен малый артиллерийский катер Р-223. Начав свое путешествие 22 июля 2000-го года из города Измир, он пересек территорию трех государств (Турция, Украина, Россия), проплыл через 5 морей (Эгейское, Мраморное, Черное, Азовское, Каспийское), 3 пролива (Дарданеллы, Стамбульский, Керчинский), 2 реки (Дон, Волга) и 18 объединяющих их каналов, проделав в общей сложности путь длиной в 2345 морских миль, и был доставлен на основную базу Военно-морских сил офицерами Военно-морских сил Азербайджанской Республики.

Личный состав Центра специального назначения Военно-морских сил принимал участие в ряде совместных военных учений с морскими пехотинцами Турции и США. С целью повышения квалификации офицерского состава был проведен обмен опытом с рядом зарубежных стран, офицеры принимали участие в различного рода международных мероприятиях.

Согласно плану боевой готовности с целью сохранения оперативного режима в зоне ответственности Каспийского бассейна, и обеспечения защиты подводных экспортных нефтегазовых трубопроводов и платформ ежегодно с участием личного состава и боевых кораблей Военно-морских сил, Военно-воздушных сил и Береговой Охраны Государственной Пограничной Службы проводятся совместные боевые учения. Ведется постоянная работа над повышением боевой подготовки личного состава.

Личный состав и корабли Военно-морских сил принимали участие в военных парадах и торжественном построении и прохождении кораблей по случаю 90- и 95-летней годовщины создания Вооруженных сил.

В 2005-ом году, в рамках дружественного визита в город Астрахань боевых кораблей Азербайджанских Военно-морских сил было организовано посещение Каспийского Морского Флота России. В октябре 2012-го и августе 2013-го годов были организованы дружественные визиты Каспийского Морского Флота в Баку, а в сентябре 2013-го года – визит кораблей Азербайджанских Военно-морских сил в Астраханскую область России.   В рамках программы визита Президент Азербайджанской Республики, Верховный Главнокомандующий Вооруженных сил господин Ильхам Алиев и Президент Российской Федерации Владимир Путин посетили Патрульный корабль G-121 Военно-морских сил Азербайджана.

В настоящее время продолжаются строительно-отделочные работы на новой базе Военно-морских сил, строящейся по распоряжению Верховного Главнокомандующего Вооруженных сил господина Ильхама Алиева. На новой базе строятся отвечающий современным требованиям штаб, мосты, военный городок для улучшения жилищных и социально-бытовых условий военнослужащих, закладываются коммуникационные линии и прочая инфраструктура. В перспективе планируется строительство новых кораблей, модернизация различного рода судов и катеров.